A Proposta Pedagógica da Escola Isaac Newton e o currículo constante na mesma são estruturados de modo a abranger a orientação das Diretrizes Nacionais Curriculares, que propõem:

• Foco nas competências básicas
• Organizado por área de conhecimento
• Estruturado a partir de princípios pedagógicos da contextualização: relação teoria X prática, e interdisciplinaridade X diálogo entre os conhecimentos.

Não sendo um fim em si mesmo, a proposta pedagógica estará sujeita a revisão constante em busca de uma qualidade baseada nos princípios eternos e absolutos da Palavra de Deus.

O modelo pedagógico calcado no pensamento e na estrutura cognitiva da cosmovisão cristã reformada, adotado pela Escola Isaac Newton é o cognitivo-interacionista, que trabalha com o conceito de conhecimento transmitido em uma base de raciocínio dedutivo, associado ao método indutivo da construção do entendimento, onde a interação do aluno com o objeto do conhecimento é feita mediante a orientação e intervenção do Professor.